A conceção do sistema de transporte de disco do DCD-2500NE inclui o mecanismo de referência na sua classe Advanced S.V.H. (Suppress Vibration Hybrid) . Os circuitos que controlam o pickup e descodificam os sinais do disco foram desenvolvidos de raiz. Caminhos de sinal foram reduzidos ao mínimo absoluto e os circuitos foram miniaturizados de forma a evitar problemas de excesso de corrente ou ruido. As diversas peças do mecanismo foram produzidas com diferentes materiais, nomeadamente uma combinação de aço inoxidável e cobre para o painel do topo de forma a aumentar a rigidez, alumínio fundido para a bandeja do disco e aço de 2mm para os suportes do mecanismo. Melhorias ao nível da massa, propriedades anti-vibração e dispersão de pontos ressonantes contribuem todos para um elevado nível de resistência à vibração. Além disso, o baixo centro de gravidade do mecanismo suprime quaisquer vibrações dentro do transporte devido à rotação do disco e a sua estrutura suprime efetivamente vibrações de origem externa. Ao eliminar vibrações expúrias, as operações relacionadas com o servo são minimzadas e, ao minimizar também controlos desnecessários e consumo de energia, os sinais digitais podem ser lidos do disco com uma precisão ótima sob condições estáveis.

De forma a sincronizar os circuitos digitais com precisão, o DAC Master Clock Design do DCD-2500NE trata o DAC como "master" quando os sinais de sincronização são fornecidos. Posicionando o "master clock" imediatamente adjacente ao conversor D/A (DAC) suprime o jittere assegura uma precisão ótima na conversão digital/analógica. Além disso, a qualidade do sincronizador, que se torna a referência para operações de semicondutor, é extremamente importante para assegurar que o circuito de áudio digital tem um desempenho ao máximo potencial. O DCD-2500NE emprega um oscilador de sincronismo para reduzir de forma dramática o ruído de fase que resulta do desfasamento das frequências. O circuito de alimentação do sincronizador foi vastamente melhorado para trazer ao de cima o total potencial do desempenho do "clock". Um condensador de polímero condutor com características de impedância de alta frequência particularmente relevantes para a qualidade de som Denon foi colocado na base da fonte de alimentação do sincronizador e um condensador de filme ultra-compacto foi colocado junto a ele, de forma a melhorar a relação sinal/ruído e oferecer um som mais transparente com uma expressão espacial superior. O DCD-2500NE está equipado com dois osciladores de sincronismo, um para cada frequência de amostragem (44.1 kHz e 48 kHz), que pode ser comutado para supressão do jitter.